I allmänhet får man åtminstone grundersättning som utgör 40 % av läkemedlets pris. För vissa läkemedel som används för behandling av svåra och långvariga sjukdomar kan man få specialersättning, som är högre än grundersättningen. Det är Statsrådet som först beslutar om vilka sjukdomar som berättigar till specialersättning. Därefter slår Hila fast de läkemedel som omfattas av specialersättning för dessa sjukdomar. Hila kan samtidigt sätta upp exempelvis begränsningar gällande sjukdomens svårighetsgrad för att få ersättning. Efter det ger Folkpensionsanstalten instruktioner om när förutsättningarna för specialersättning anses vara uppfyllda och hur detta ska bevisas; oftast krävs läkarutlåtande (s.k. B-intyg). Till exempel vid högt blodtryck fastställer Folkpensionsanstalten vilka blodtrycksvärden och andra sjukdomstecken som ska påvisas för att rätt till specialersättning kan beviljas. För vissa sjukdomar beror det på sjukdomens svårighetsgrad om man ska få specialersättning. Till exempel högt blodtryck i en lindrigare form omfattas inte av specialersättning men patienten får då grundersättning för sin läkemedelsbehandling.
Specialersättningen har två nivåer: lägre och högre specialersättning. Lägre specialersättning (65 % av läkemedlets pris) kommer i fråga då läkemedlet anses vara nödvändigt för behandling av ifrågavarande sjukdom medan högre specialersättning (100 % av läkemedlets pris) förutsätter att läkemedlet har en ersättande eller korrigerande verkan på sjukdomen. Till exempel vid insulinbristdiabetes ersätter receptbelagt insulin bristen på kroppens eget insulin. För insulinet får man då högre specialersättning.